Я не нашел способа сделать так, что бы вызываемое окно было поверх всех остальных окон, с помощью стандартных средств PS:
[System.Windows.Forms.MessageBox]::Show("Message","Title")
Но я знаю что в VBS есть свойство MsgBox под названием SystemModal, которое как раз и заставляет появляться popup окно поверх всех, расположенных на экране.
Читать далее Powershell. Вывод всплывающего сообщения на экран/MsgBox