Для установки VMM агента в Linux систему необходимо выполнить следующие действия

Убедится что на SCVMM сервере расшарена папка с Linux агентом VMM по пути установки System Center.
Например «C:\Program Files\Microsoft System Center\Virtual Machine Manager\agents\Linux»

В данной папке должны находится файлы типа: scvmmguestagent.1.0.3.1028.x64.tar

Для корректного монтирования шары утилитой mount понадобится установка пакета cifs-utils:

apt-get install cifs-utils

Так же необходимо добавить DNS сервер в файл /etc/resolv.conf. Иначе mount не определит имя сервера:

nameserver 192.168.49.16

Далее к Linux машине подключить эту шару:

mkdir /mnt/vmm_agent
sudo mount -t cifs -o "domain=domain.local,username=%USERNAME%" //SCVMM.domain.local/Linux /mnt/vmm_agent

Где %USERNAME% — пользователь у которого есть доступ на шару, а у вас имеется пароль от него.

Переходим в каталог с расшаренным агентом и выполняем команду на установку:

cd /mnt/vmm_agent
sudo ./install scvmmguestagent.1.0.3.1028.x64.tar

Должна появится надпись Successfully installed SCVMM Guest Agent

Если кастомизация после этого не отрабатывает, то можно посмотреть лог в папке /var/opt/microsoft/scvmmguestagent

После этого осталось погасить машину и выполнить создание шаблона.

Обратите внимание на то, что агент работает по тому же принципу, что и sysprep в windows: машину нельзя запускать после установки агента VMM, так как после запуска произойдет попытка кастомизации, в конце которой агент удалится из системы и его установку придется выполнять заново