Предположим вы по какой то причине сгенерировали закрытый ключ в Putty. Но теперь хотите его конвертировать в формат OpenSSH, так как именно он необходим для работы ssh в Linux, то сделать это можно описанным тут образом

Открываем Puttygen.
Сначала жмем кнопку Load и подгружаем ключ, который вы хотите конвертировать.
А затем в главном меню выбираем пункт Conversions -> Export OpenSSH key.

После этого можете открыть сохраненный файл через любой текстовый редактор, скопировать его и вставить в ~/.ssh/id_rsa

Необходимые права для файла:
chmod 600 ~/.ssh/id_rsa

Что бы не возникало необходимости конвертировать ключи, рекомендую сразу генерировать их в среде Linux. Как это сделать можно прочитать тут