Для активации и установки необходимых параметров точек восстановления можно использовать GPO и Startup скрипт.

Политику при этом нужно создавать для конфигурации компьютера, иначе вы получите ошибку из-за отсутствия прав.
Т.к. скрипт будет пытаться выполняться не под учеткой System, а под текущим пользователя, у которого вероятно нет нужных привилегий.

Скрипт Powershell

# Активировать восстановление точек восстановление
Enable-ComputerRestore -Drive "C:"
# Задать лимит пространства для точек восстановления
VSSAdmin Resize ShadowStorage /For=C: /On=C: /MaxSize=5%

Этот скрипт проверен как на седьмой, так и на десятой версии Window, но если по каким то причинам вам понадобится скрипт для CMD, я привожу его здесь

Скрипт CMD

# Активировать восстановление точек восстановление
wmic /namespace:\\root\default Path SystemRestore Call enable
# Задать лимит пространства для точек восстановления
VSSAdmin Resize ShadowStorage /For="C:" /On="C:" /MaxSize=5%%

В результате мы можем наблюдать успешно настроенные параметры восстановления системы